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El apocalipsis se acerca. El destino está en manos de un joven llamado Kamui Shirou, quien deberá decidir si quiere unirse a Los Dragones del Cielo o a Los Dragones de la Tierra. Unos pretenden darle una nueva oportunidad a la humanidad, manteniendo todo tal y como está, tras el Día Prometido en 1999, y los otros aseguran que el mundo merece una revolución y que la humanidad ya no debe dominar la Tierra. Estos últimos anhelan que llegue la Batalla Final, con la que todo será devastado para empezar de cero. .